انتقادات حادة وجهها وكيل لجنة النقل والمواصلات في مجلس النواب المصري النائب محمد بدوي دسوقي، بسبب خسائر هيئة السكك الحديدية التي وصفها بـ"الضخمة وغير المعقولة"، وقال النائب إنه تضيع على الشعب مبلغ 5 مليارات سنويا، وهو أمر لا يجب السكوت عليه، وأن النواب سيظلون يلاحقون الهيئات الخاسرة حتى تصحح أوضاعها.

وقال النائب إن خسائر السكك الحديدية تجبرها على اللجوء إلى أرباح الهيئات الاقتصادية الأخرى، وإنه يعمل بها نحو 75 لا تحتاج منهم سوى "النصف" فقط، وأن الآلاف الباقية عمالة زائدة، مؤكدا أنه ما زال هناك فساد مالي وإداري.

وشدد "دسوقي" على ضرورة أن تتعامل الحكومة المصرية ممثلة في وزير النقل الدكتور هشام عرفات، مع السكك الحديد كهيئة اقتصادية لها أرباح كالخسائر، وليست هيئة خدمية فقط لا تهتم كثيرا بالربح والنمو، وقال النائب إنه في حال تم تطوير الهيئة ستُدر أرباحا بواقع ملياري جنيه سنويا، وسيتم تخفيض العمالة عديمة الفائدة بعد إدخال التكنولوجيا في المحطات الجديدة، وإنهاء المزلقانات غير الشرعية، والإسراع في تنفيذ المشروع القومي لتطوير الهيئة بمقدار 45 مليار جنيه على مدار 3 سنوات.​