كشف مصدر أمني  إن إدارة البحث الجنائي في البحيرة انتقلت للمكان وجار عملية الفحص وسؤال العاملين، مشيرًا إلى أنه تم إخطار النيابة العامة لمباشرة التحقيق، حيث كشف الراهب القمص باسيلوس المقاري، أمين مكتبة دير أبو مقار بوادي النطرون، إن أحد رهبان الدير عثر على جسد الأسقف ملقى في أحد ممرات الدير في فجر الأحد، أثناء ذهابه لصلاة القداس.

وقال القمص، إن جثمان الأنبا أبيفانيوس وجدت وحوله بركة من الدماء، ورأسه مهشمة بشكل تام، وتم إخطار الشرطة والنيابة العامة بعد الاتصال بالبابا تواضروس الثاني، الموجود حاليا في دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون، وهو من طلب الاتصال بالجهات الأمنية، التي جاءت وعاينت الجثمان والتقطت صور لمسرح الجريمة، ونقلت الجثمان إلى المشرحة لتشريحها لتبين سبب الوفاة. وأضاف الراهب، أن الأنبا أبيفانيوس ليس لديه خلافات مع أحد في الدير، وأنه ينتظر قرارات النيابة العامة وما ستكشفه حول ملابسات تلك الوفاة. وتابع الراهب باسيلوس، أن البابا أرسل مندوبين عنه وسكرتاريته للدير للوقوف على ما حدث، وأن ترتيبات الجنازة متاخرة بسبب انتظار قرار النيابة العامة وانتهاء تشريح الجثمان.