أكد إبراهيم عيسى، أن الأزهر الشريف لا يتواني عن تكفير العلماء والأدباء، إذن فهو ليس ضد مبدأ التكفير، فلماذا لم يكفّر داعش؟، الأزهر لم يعلن أن داعش كافرة، لأنه يكفّر فقط من يتخالف مع مشايخه ومن يعارض أفكاره، وإذا نظرنا إلى كتاب مناهج الأزهر للصف الثالث الثانوي سنجد أن كل ما تفعله داعش موجود في الكتاب، يدرسه الأزهر للطلبة، فكيف سيختلف الأزهر مع داعش؟.

وأضاف عيسى، في برنامجه "25\30" على قناة "ON TV"، مساء الأحد: "لماذا سنغضب من طلبة جامعة الأزهر إذا خرجوا علينا وحرقونا إذا رأووا أننا كفرة من وجهة نظرهم وهذا ما يدرّسه لهم الأزهر في الثانوية العامة؟ ما سيحدث في ظل وجود المسؤولين الإخوانيين الحاصلين على مناصب عليا في الأزهر الشريف".