أكدت وزارة التربية والتعليم والتعليم الفني، عدم وجود أي صلة لها بما تم نشره على المواقع الإلكترونية ومواقع التواصل الاجتماعي بالحديث عن المدارس اليابانية، وما تضمنه من معلومات وبيانات أو تقديم تدريبات لأي من المُعلمين بخصوص هذه المدارس.

 وأوضحت أن الجهة الوحيدة المنوطة بالتعامل مع هذه المدارس، هي موقع الوزارة الإلكتروني http://www.moe.gov.eg/، ووحدة مشروع المدارس اليابانية في الوزارة (الصفحة الرسمية للمدارس المصرية اليابانية -ejs)على الفيس بوك الرسمي للمشروع .