لقي ترشيح الدكتور أشرف منصور لحقيبة التعليم العالي في التشكيل الحكومي الجديد سخطا كبيرا بين أوساط المراكز البحثية العلمية والجامعات، فبمجرّد أن تمّ الاعلان في وسائل الإعلام الرسميّة عن أن رئيس الوزراء الدكتور إبراهيم محلب استقر على اسمه لتولّي الوزارة، سادت حالة من الغضب بين العديد من رؤساء الجامعات، كون مؤسّس الجامعة الألمانية الدكتور أشرف منصور لا خبرة له ولا دراية بمشاكل الجامعات الحكومية، وتعيينه بهذا المنصب سيرسخ تولي رجال الأعمال للمناصب السيادية مما يؤدي لخلط السلطة بالمال، وهو ما عانى منه الشعب المصري حقبة الرئيس المخلوع محمد حسني مبارك. وعقد المجلس الأعلى للجامعات اجتماعاً صباح الخميس في مقر أمانة المجلس في جامعة القاهرة، وناقش المجلس ردود أفعال أعضاء هيئات التدريس وبعض مجالس الأقسام والكليات والتي انعقدت بصورة طارئة وتناولت الترشيح لمنصب وزير التعليم العالي وما أصاب المجتمع الجامعي من استياء وإحباط حول هذا الموضوع، حيث إن المرشح للمنصب ليس على علم ودراية بمشاكل الجامعات الحكومية في هذا الوقت الذي تمر به الجامعات المصرية والحاجة الملحة الآن إلى ترشيح أحد القيادات الجامعية والتي لها خبرات كبيرة ومعايشة لواقع ومشكلات الجامعات المصرية والعمل الأكاديمي بها، وأضاف بيان صادر عن المجلس الأعلى للجامعات، الخميس، أن ذلك حتى لا تتفاقم الأوضاع الحالية في الجامعات في هذا الوقت العصيب التي تمر بها البلاد. وناشد المجلس الأعلى للجامعات بالنيابة عن أعضاء هيئات التدريس والطلاب والعاملين في الجامعات رئيس الوزراء المكلف بإعادة النظر في هذا الترشيح، وذلك دعماً لجهود المجتمع الجامعي في لم الشمل ودعم الاستقرار خلال الفترة المقبلة. وقال أمين المجلس الأعلى للجامعات الدكتور أشرف حاتم، في تصريح خاص لـ"العرب اليوم" إنه تم إجراء مكالمة هاتفية،الأربعاء، برئيس الوزراء المهندس إبراهيم محلب لإبلاغه بغضب رؤساء الجامعات من ترشيح رئيس مجلس أمناء الجامعة الألمانية الدكتور أشرف منصور لتولي مهام الوزارة، مشددين على دعمهم الكامل لرئيس جامعة المنصورة الدكتور السيد عبد الخالق لتولي هذا المنصب، وعن ردة فعل رئيس الوزراء قال أنه وعده أنه سيدرس الأمر وأن المصلحة العامة هى الأهم ووصفت أستاذ الاقتصاد والعلوم السياسية في جامعة القاهرة الدكتورة هالة السعيد، تولي الأستاذ في كلية العلوم جامعة القاهرة ومؤسس الجامعة الألمانية عام 2002 الدكتور أشرف منصور، لحقيبة التعليم العالي والبحث العلمي، بعد دمج الوزارتين بأنها «ظاهرة هي الأولى من نوعها في تاريخ التعليم الجامعي». وأضافت هالة السعيد، في تصريحات خاصة لـ"العرب اليوم" أن الدكتور أشرف منصور رجل استطاع أن يحقق نجاحات علمية كبيرة على المستوى المهني مرورًا بتأسيسه للجامعة الألمانية، ولكن في نهاية المطاف المنصب الحكومي يختلف جملة وتفصيلا عن إدارة القطاع الخاص أيًا كان، وبالتالي يجب على الوزير الجديد أن يستعين بمجموعة من المستشارين أصحاب الخبرة في وزارة التعليم العالي حتى لا تحدث فجوة في معالجة الأزمات المتعلقة في الجامعات.