أثار قرار مجلس الوزراء، برئاسة الدكتور حازم الببلاوي، بشأن مراجعة قرارات العفو، التي أصدرها الرئيس المعزول محمد مرسي، وقرارات منح الجنسية لغير المصريين، إلى جانب حزمة من القرارات، جدلاً سياسيًا وقانونيًا بشأن أحقية الرجوع في قرارات رئاسية.وأوضح رئيس محكمة الاستئناف في القاهرة المستشار بهاء الجندي، في حديث إلى "مصر اليوم"، أن "القانون يجيز إعادة النظر في القرارات المعيبة"، معتبرًا أن إعادة النظر في إلغاء قرارات العفو عن السجناء في عهد مرسي، "قرارًا صائبًا، حيث أن الرئيس المعزول انحرف فيها".وبيّن الجندي أن "تنفيذ قرار إعادتهم إلى السجون مرة أخرى سيكون عبر البحث عنهم، وتنفيذ الأحكام التي كانت صادرة ضدهم، وليس إعادتهم ليحاكموا من جديد".وأكّد الجندي أن "السجناء، الذين أعفى عنهم مرسي، كلهم سجناء سياسيين، تم إلقاء القبض عليهم نتيجة قيامهم بأعمال إرهابية"، مشيرًا إلى أن "العفو عن هؤلاء الإرهابيين تم بناء على صفقة مع التنظيم الإرهابي، مقابل الوقوف بجانبه ومساعدته في أي وقت".من جانبه، أكّد المحامي والقيادي السابق في جماعة "الإخوان المسلمين" مختار نوح أن "مجلس الوزراء لا يمكنه إعادة النظر في قرارات العفو الصادرة لصالح مسجونين في عهد الرئيس المعزول محمد مرسي".وأوضح نوح، في تصريحات صحافية، أن "المعتقلين والمساجين المعفو عنهم يعيشون خارج السجون الآن، بحق مكتسب، لا يستطيع أحد أن يسلبه منهم، إلا إذا ارتكبوا وقائع إجرام جديدة، عقب العفو عنهم، وفيما عدا ذلك فليس هناك في القانون ما يسلبهم هذا الحق، حتى وإن كانوا مسجونين من قبل في قضايا إرهاب".
يذكر أن الرئيس المعزول محمد مرسي أصدر خلال فترة حكمه قرارًا رئاسيًا بالعفو عن 755 سجينًا، منهم 8 من قيادات جماعة "الإخوان المسلمين"، كانوا متهمين في القضية المعروفة بـ"التنظيم الدولي للإخوان المسلمين"، و55 من أعضاء "الجماعة الإسلامية والجهاد"، من بينهم 3 أدينوا في اغتيال الرئيس المصري الأسبق أنور السادات عام 1981، أثناء عرض عسكري في القاهرة.
وكانت هذه الأسماء الأبرز من بين المعفي عنهم في فترة الرئيس المعزول : غريب الشحات الجوهري، وحسن خليفة، وشعبان هريدي، وأحمد عبد القادر، والقيادي البارز في تنظيم "الجهاد" أحمد سلامة مبروك، الصادر ضده حكم بالأشغال الشاقة المؤبدة، في قضية "طلائع الفتح"، فضلاً عن كوادر "الجهاد" محمد حسن، ومحمد مصطفى، وجمال عبد العال يسري عبد المنعم، ومحمد عبد المنعم، والدكتور وجدي غنيم، والداعية السعودي عوض القرني، وإبراهيم منير، ومفوض العلاقات الخارجية السابق في الجماعة يوسف ندا، والمهندس علي غالب محمود همت "سوري الجنسية".
يذكر أن من صدر في حقهم العفو الرئاسي كانوا أعضاء في كيانات وتنظيمات رفعت شعارات "تكفيرية" في فترات سابقة، ونسب إليهم ارتكاب حوادث عنف.