أكدت تحقيقات النيابة في قضية مع قطر، المعروفة إعلاميًا باسم قضية "التخابر الكبرى" والمتهم فيها الرئيس المعزول محمد مرسي و9 آخرين، أن تقارير الأمن القومي أثبتت أن الملفات والوثائق التي تم تسريبها لقطر تحتوي على تقارير خاصة بالقصر الرئاسية وذات سرية عالية.

حيث تتضمن التقارير أعداد العاملين من العسكريين والمدنيين في قصر الرئاسة ومحضر اجتماع لجنة إدارة الأزمات في ديوان الرئاسة ونتائج ما أسفر عنه ذلك الإنعقاد وموقف العلاقات المصرية والإيرانية، وآخر صادر عن وحدة بحوث العلاقات الخارجية في الرئاسة بشأن ملف المصالحة الفلسطينية، وآخر بشان المفاوضات عن شراء أسلحة وصواريخ.

وأوضحت النيابة في تحقيقاتها أن هناك تقارير خاصة بالمسألة السورية وعلاقة مصر بها ونتائج اتصالات وزير الخارجية المصري وقتها محمد كامل عمرو، مع نظيره الأميركي جون كيري بالإضافة لمجموعة من الأوراق تحمل شعار جماعة "الإخوان المسلمين" تضمنت الوضع السياسي القائم في البلاد ونقاط ضعف المنظومة الإعلامية لدى الجماعة وكيفية تلافيها.

كما كشفت التحقيقات ضبط رسالة بخصوص أعداد وتأهيل الأنفاق الفلسطينية وتأمين الاتصالات الأرضية الخاصة بكتائب عز الدين القسام واستمرارية حركة "حماس" في إقامة الأنفاق ومرفق بها خريطة موضح بها أماكن تلك الأنفاق الكائنة في قطاع غزة، وصورة ضوئية لملف صادرعن قطاع مصلحة الأمن العام في وزارة الداخلية وتتضمن اجتماعات التنسيق المنعقدة بين وزراتي الدفاع والداخلية وجهازي المخابرات العامة والحربية تضمنت أماكن ارتكاز القوات الأمنية في محافظتي شمال وجنوب سيناء وخطة التامين لهما.

وتبين من التحقيقات أنه تم الكشف عن أوراق تتضمن مشروع خطة 2012- 2015 ومراحل وأدوات الخطة لإستكمال مقومات الجماعة الرائدة وتطوير العمل العالمي لتحقيق وجود كيان عالمي معلن للإخوان المسلمين في عدة دول منها مصر، قطر، اليمن، وبلاد الشام ودول عدة، ووضع تعريفًا لمعنى التنظيم والذي يقصد به الجماعة ككل مشتملة على الأجهزة والوحدات والقيادة والموارد البشرية والمالية والعلاقات والمؤسسات واللوائح وأن يكون له موارد بشرية ومالية كافية وإمتلاك مؤسسات رسمية تخدم أغراض تكفي لأعمال للتنظيم العالمي.

كما ضمت الأوراق المسربة أوراق بعنوان "خريطة العمل الإخواني" تضمنت مفاهيم لكيفية عمل الفرد الإخواني حتى يكون عمله متفقًا مع أهداف الجماعة وغاياتها والتي تستهدف الفرد والأسرة والمجتمع ثم الخلافة وصولًا لأستاذية العالم وأنه من المتعين على الفرد الإيمان بالدور المنوط به وفرضيته للمساعدة في تحقيق أهداف الجماعة وأخرى بعنوان "منطلقات الخطة" جاء به عرض الخطة العامة للجماعة للدورة التنظيمية المعتمدة من كتب الإرشاد ومجلس الشورى تم تكليف لجنتين لوضع مشروع الخطة العامة للجماعة للفترة من 2012 حتى 2016 تناولت الأولويات والتوجهات العامة للخطة بوضع الإستراتيجيات التي من خلالها تحقيق أهداف الجماعة وإعطاء الأولوية لشريحة الشباب من سن 15 حتى 35 عامًا من الجنسين والريادة في الجانب الإعلامي والإستفادة من وسائل الاتصالات الحديثة.