أثارت مصلحة الجمارك حرب شرسة بينها وبين أصحاب المصانع داخل المناطق الاستثمارية والحرة، حيث قرّرت مصلحة الجمارك ميكنة كافة شهادات الصادر لـ السوق المحلي والخاصة بجميع مصانع المناطق الاستثمارية الحرة قبل تجربته الأمر الذي يهدد كافة مصانع المناطق الاستثمارية الحرة بالإغلاق بسبب عدم قدرة الجهات المنوط بها استخدام الميكنة على فهم النظام، وهو ما تسبب في توقف إمدادات السلع المنتجة من مصانع المناطق الحرة للسوق المحلي.

وقال وكيل المجلس التصديري للصناعات الكيماوية والأسمدة، الدكتور هاني قسيس، إنّه "نقابل مشكلة كبرى مع مصلحة الجمارك تهدد بإغلاق مصانعنا وكافة مصانع المناطق الحرة"، مطالبًا بالتدخل لأنه لا يوجد أحد في مصلحة الجمارك قادر على تشغيل النظام المميكن أو إعادة استخدام النظام الحالي لحين استيعابهم النظام الجديد

وأضاف قسيس أن مصلحة الجمارك قررت فجأة ميكنة كافة شهادات الصادر للسوق المحلى، مشيرا إلى أن المشكلة تكمن في أنه تم البدء في التطبيق إلا أنه للأسف لم يتم الاستعداد بعد لاستخدام هذا النظام من قبل العاملين في المصلحة والذين لم يتدربوا بعد على كيفية إدخال البيانات، وتابع أنّ "هذا القرار أدى إلى إيقاف كافة معاملات الصادر للسوق المحلي، وأنّ ذلك سوف يؤدي إلى تحملنا غرامات كبيرة وقد يؤدي إلى إيقاف العمل في مصانعنا".