تثير العلاقة بين إيران وتنظيم "القاعدة"،  جدلًا واسعًا بشأن حقيقة العلاقة بين التنظيم السني المتطرف وبين الدولة الشيعية، وبخاصة بعد المزاعم التي أثارتها الشرطة الكندرية والتي تقول إن اثنين من المشتبه فيهم في كندا كانوا قد تلقوا تعليمات من "عناصر تنظيم القاعدة" في إيران ، والتي قد تفتح من جديد باب الجدل فيما بين المحللين. وكشفت صحيفة "الغارديان" البريطانية أن هذه المزاعم تعود إلى ما بعد هجمات 11/9 مباشرة وإدراج إيران ضمن محور الشر الذي سبق وتحدث عنه جورج بوش، ولا يوجد حتى الآن أي دليل على وجود أي اتصال قبل عام 2002 بين  عناصر تنظيم "القاعدة" وبين أي من أقسام المؤسسة الأمنية الإيرانية المتعددة والتي يكتنفها الغموض،  والشئ الوحيد الذي يمكن الإشارة إليه في هذا الصدد هو احتمال انعقاد اجتماعات بين أسامة بن لادن وبين شخصيات رفيعة المستوى في "حزب الله" اللبناني في السودان في بداية التسعينات. واشارت الصحيفة إلى أنه مع انهيار نظام طالبان في أفغانستان في كانون أول/ ديسمبر 2001 ، هرب العديد من المتطرفين الأجانب الذين كانوا في أفغانستان غربا إلى إيران بينما واصل البعض الآخر هروبه إلى العراق حيث قاموا بتخطيط وشن هجمات ضد القوات الأميركية هناك ثم ضد المسلمين الشيعة في مرحلة لاحقة، ومع ذلك فإن الآخرين بمن فيهم الأعضاء المقربين من عائلة بن لادن المليشيات المحنكة مثل المصري سيف العدل ، فقد استقروا في إيران. وعلى ما يبدو فإن أجهزة الأمن المحلية استغرقت بعض الوقت في العثور على هؤلاء ووضع معظمهم رهن الاعتقال المنزلي واحتجازهم في مجمعات متناثرة في مناطق متعددة في إيران، ومن غير الواضح تماما ماهية من قاموا باحتجازهم والأسباب وراء ذلك إلا أن أغلب المحللين يعتقدون أن عناصر داخل الحرس الثوري المتشدد تولوا الإشراف عليهم. ولم يتضح بعد مبررات احتجازهم وما إذا كانت هناك مساومات أو صفقة مقايضة أم أن الاحتجاز كان لأسباب أمنية أم أنه كان على سبيل الإدخار للمستقبل، والواقع أن آراء المحللين تتنوع وتختلف في هذا السياق وذلك في ضوء ندرة المعلومات وكثرة التكهنات، ولم تسفر عمليات الاعتقال الإيرانية على فترات للعناصر اللوجيستية المرتبطة بتنظيم القاعدة ، عن شئ يمكن أن يجيب على تلك التساؤلات. وقد شهدت الآونة الأخيرة المزيد من التطورات في هذا الشأن، حيث تم الإفراج أخيرًا عن العديد من أقارب مليشيات القاعدة بمن فيهم من ينتسبون إلى بن لادن،  كما تم الإفراج أيضا عن بعض كبار المليشيات بمن فيهم المصري سيف العدل الذي شق طريقه بعد ذلك إلى المناطق القبلية المطربة في باكستان. وأوضحت الصحيفة أن الزعم بوجود مساعدة من "القاعدة" في إيران لمؤامرة في الغرب فهو زعم جديد، والسؤال الذي يطرح نفسه في هذا السياق هو: هل هناك احتمال لتورط دولة إيران في هذا الشأن؟، وتقول الشرطة الكندية، إن هناك مؤشرات إلى أن المؤامرة كانت برعاية الدولة الإيرانية التي قطعت كندا علاقتها الدبلوماسية معها خلال العام الماضي.  ومع ذلك فقد كان رد الفعل الإيراني غاضبا ، حيث قال المتحدث باسم وزارة الخارجية الإيرانية أنه لا يوجد دليل في هذا السياق وقال إن معتقدات تنظيم القاعدة لا تنسجم بأي حال من الأحوال مع معتقدات وفكر الجمهورية الإسلامية الإيرانية كما أن إيران تعارض "أي شكل من أشكال العنف الذي يعرض حياة الناس للخطر". وأكدت الصحيفة في نهاية مقالها على تورط عناصر تابعة للدولة الإيرانية في هجمات خارج حدودها مثلما حدث في بانكوك وباكو ودلهي العام الماضي، كما تشير إلى تاريخها في مساعدة المنظمات الإرهابية، مشيرة إلى أن الأيام المقبلة قد تشهد مزيدً من التفاصيل ، ومن السابق لأوانه القفز إلى نتيجة مفادها أن هناك علاقة بين إيران وتنظيم القاعدة.