قرر تيار الاستقلال الذي يضُم 30 حزباً سياسياً،برئاسة أحمد الفضالي،تقديم بلاغ إلى مجلس القضاء الأعلى، الثلاثاء، للتحقيق مع المستشار حاتم بجاتو، الذي تم إعلان اسمه وزيراً للشؤون القانونية في التعديل الوزاري الجديد، وذلك ما اعتبره إثارة للشبهات، بسبب دور بجاتو في لجنة الانتخابات الرئاسية وبخاصة في ضوء الاتهامات المثارة بشأن تزوير نتيجة الانتخابات الرئاسية.وطالب تيار الاستقلال في بيان له، مجلس القضاء الأعلى بالتحقيق الفوري، بشأن تولي حاتم بجاتو وزيراً لمرسي في ضوء الاتهام بالتلاعب في الانتخابات الرئاسية، كما طالب بـعدم الاعتراف بالحكومة، والتعديلات الوزارية.ووصف تيار الاستقلال التعديل الوزاري بأنه إهدار للمال العام للدولة، واستمرار لسياسة تجريف الدولة المصرية المَدَنِية. وأَرجع تيار الاستقلال إقدام النظام على التعديل الوزاري إلى أنه محاولة إلى صرف الأنظار عن أخطاء وجرائم النظام الحاكم، ولشَغِل الرأي العام بإجراءات تعيين الوزراء الجُدد، لإبعاد المواطنين عن الواقع المؤلِم، المُتمثل في الغلاء الفاحِش للأسعار، وانتكاسات الحكومة المُتكررة، والتورط في قرض صندوق النقد الدولي، واعتقال مئات الناشطين السياسيين واستخدام العنف والقوة لإرهاب واعتقال المتظاهرين السِلميين، ومنع التحقيقات مع كبار ورموز النظام والموالِين له".وأثار تعيين عضو اللجنة العليا للانتخابات الرئاسية المستشار بجاتو، وزيراً للشؤون القانونية، حَفِيظة السياسيين والقوى المَدَنِية، بعد أن كان أنصار الإخوان يهتفون ضده في إحدى التظاهرات في ميدان نهضة مصر في الجيزة قبل شهور.وقال الناشط الحقوقي نجاد البُرعي،إن تعيين بجاتو يؤكد أن الرئاسة تُقَدّم ترضيات إلى القضاة لينضبطوا معه، كما فعلت مع الشرطة، مضيفاً في تعليق له على موقع تويتر أن الدولة تُرمم نفسها".ووجه الكاتب الصحافي وعضو مجلس الشعب السابق مصطفى بكري ، كلمة إلى المستشار حاتم بجاتو على صفحته الشخصية على موقع"الفيسبوك"، إذا كان الناس يقولون إن المستشار عمر الشريف حصل باختياره وزيراً للشؤون القانونية على ثمن تفصيل القوانين والدفاع عن حكومة الإخوان، فأرجوك أن ترفض حتى لا يُقال إن اختيارك جاء ثمناً لما يتردد عن شائعات سرت بشأن الانتخابات
الرئاسية، وأنت كنت الأمين العام للجنة العليا للانتخابات".وقال رئيس مجلس الدولة الأسبق محمود العطار،  إلى "العرب اليوم" إن تعيين عضو لجنة الانتخابات الرئاسية في منصب حكومي، يثير الكثير من الشبهات بشأنها.وأضاف العطار أنه كان على رئيس الوزراء هشام قنديل أن يستبعد كل من له صلة بلجنة الانتخابات الرئاسية، حتى لا تُثير بشأنه أي شُبهات من حيث تزوير الانتخابات أو ما شابه ذلك.وكان بجاتو، يعمل مستشاراً لوزير العدل، وعضواً في لجنة الانتخابات الرئاسية الأخيرة، التي جاءت بالمرشح محمد مرسي رئيساً مدنياً منتخباً لمصر، وشارك في وضع قانون تجريم خِتان الإناث،وتَرَأس اللجنة التي أقرّت ببطلان القانون 100 للعام 1993 الخاص بتنظيم العمل النقابي، على غير رغبة الحكومة حينها.ولعب بجاتو دوراً مهماً في الانتخابات الرئاسية للعام 2005، حيث كان عضواً في أمانة لجنة الانتخابات،التي أعلنت فوز الرئيس السابق حسني مبارك بفترة رئاسية أخيرة، حيث نفى بجاتو حدوث أي تزوير في العملية الانتخابية وقتها. كما شارك بجاتو كعضو في لجنة التعديلات الدستورية عام 2011، عقب ثورة كانون الثاني / ينايرالعام 2011، في عهد المجلس الأعلى للقوات المسلحة.
وطالبت هيئة الدفاع في قضية الهروب الجماعي لسجناء وادي النطرون خلال أحداث الثورة، باستدعاء المستشار حاتم بجاتو أمين اللجنة العليا للانتخابات الرئاسية،لمعرفة كيفية قبول أوراق الدكتور محمد مرسي مرشحاً لرئاسة الجمهورية،رغم كونه سجيناً هارباً من سجن وادي النطرون، بحسب ما ورد في وسط اتهامات بوجود شبهة بين تعيينه ومشاركته في لجنة الانتخابات الرئاسية