علقت وزارة الخارجية المصرية على أنباء، تحدثت أخيرا عن طلب الخرطوم من قيادات مصرية لجماعة "الإخوان المسلمين" مغادرة البلاد، وأكد المتحدث باسم الوزارة، أحمد أبو زيد، أن الوزارة لم يتم إخطارها "بملاحقة القوات الأمنية السودانية لعناصر إخوانية هناك أو مطالبة قيادات بمغادرة البلاد".
وأوضح أبو زيد، خلال تصريحات متلفزة إلى أن وزير الخارجية السوداني إبراهيم غندور كان أكد خلال اجتماع وزراء خارجية مصر والسودان: "أن بلاده لا يمكن بأي حال من الأحوال أن تأوي عناصر تعمل ضد الدولة المصرية على أراضيها"، وكان عضو القطاع السياسي للحزب الحاكم في السودان، عبد السخي عباس، نفى وجود قيادات مصرية من جماعة الإخوان في بلاده، وقال: "إنه لا يوجد إسلاميون مصريون في السودان، وإذا كانوا موجودين لحددتهم مصر بالاسم، وطالبت بتسليمهم"، وكانت بعض الصحف المصرية قالت أخيرا "إن السلطات السودانية أبلغت قيادات جماعة الإخوان المسلمين المصريين هناك بضرورة مغادرة الأراضي السودانية في أقرب وقت".