خففت محكمة النقض، برئاسة المستشار طه قاسم رئيس دائرة "أ" ،الحكم على ٨ متهمين في خلية الظواهري من عقوبة الإعدام للسجن المؤبد، ورفضت المحكمة طعن اثنين من المتهمين.  وحكمت المحكمة بقبول عرض النيابة للقضية لباقي الطاعنين شكلا وفي الموضوع بتصحيح الحكم المطعون فيه باستبدال عقوبة الإعدام، لعقوبة السجن المؤبد المقضي بها على كل من فوزي محمد محمد سيف الدين، وعمرو عبد الخالق، وعزيز عزت، وسيد أحمد السيد، وناصر عبد الفتاح، وأحمد محمود عبد الرحيم، وعماد ممدوح، بلال إبراهيم .

ومحكمة جنايات القاهرة، المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة، برئاسة المستشار محمد شيرين فهمي، قضت في 15 تشرين الأول/أكتوبر 2015، ببراءة المتهم الرئيسي في القضية، محمد ربيع الظواهري، شقيق زعيم تنظيم القاعدة، أيمن الظواهري، وحكمت بإعدام 10، والمؤبد لـ32، والسجن المشدد 15 عاما لـ18 آخرين، وبراءة 16.

ونسبت النيابة العامة للمتهمين جرائم تأسيس وتولي وقيادة تنظيم جهادي على غرار تنظيم القاعدة، والتخطيط لتدمير منشآت عامة على رأسها السد العالي، والهجوم على مراكز أمنية تابعة للقوات المسلحة والشرطة، وتدمير دواوين المحافظات والكنائس.