نفى المتحدث العسكري أحمد علي ما تناقلته بعض وسائل الإعلام الأجنبية عن قيام قادة القوات المسلحة بالضغط على وزير الدفاع الفريق أول عبد الفتاح السيسي لسحب بيانه. وأكد المتحدث العسكري للقوات المسلحة في بيان صحافي الجمعة، أنه لم يتم اعتقال أي شخص منذ ثورة 30 حزيران/يونيو، وإن كل ما نشر عن اعتقال أحد من أي تيار سياسي غير صحيح. وقال المتحدث "لم يتم حبس أي شخص سياسيا ولا يوجد معتقل سياسي واحد من أي تيار داخل السجون المصرية". الرئيس السابق محمد حسني مبارك، قرراً جمهورياً عام 2004 بتعيين اللواء محمد فريد التهامي، رئيسًا لهيئة الرقابة الإدارية، وذلك بناء علي ترشيح المشير طنطاوي، وتم التجديد له من قبل مبارك 4 مرات، والمشير للمرة الخامسة. وعقب ثورة 25 كانون الثاني/يناير، خرجت دعاوى من بعض القوى والحركات الثورية تطالب بضرورة تطهير الهيئة، متهمين التهامي بالتستر على جرائم مبارك ورجاله وعدم كشف أي من مخالفاتهم. وعقب تولي الدكتور محمد مرسي تقاليد الحكم  أمر بإصدار قرارًا رقم  153 لسنة 2012 جمهورياً بتغيير رئيس هيئة الرقابة الإدارية ليتم تعيين محمد عمر وهبي هيبة رئيسًا لهيئة الرقابة الإدارية بدلاً من التهامي. لتبدأ بعدها نيابة الأموال العامة تحقيقاتها مع محمد فريد التهامي، رئيس هيئة الرقابة الإدارية السابق، بتهمة التستر على رموز النظام البائد، وتم اتهام تهامي بعدم تقديم التحريات اللازمة بشأن ممتلكات الرئيس المخلوع مبارك، وتعمد تقديم معلومات مغلوطة، وكذلك الإهمال والتباطؤ في التحقيق بوقائع الفساد، ما أدى إلى إقالة تهامي. وبعد تظاهرات 30 حزيران/يونيو وعزل الرئيس السابق محمد مرسي، وتولية المستشار عدلي منصور، رئيسًا مؤقتًا للبلاد خلال الفترة الانتقالية، أصدر قرارًا جمهوريًا بتعيين اللواء محمد فريد التهامي، رئيسًا لجهاز المخابرات العامة، بدلاً من محمد رأفت شحاتة، رئيس جهاز المخابرات الحالي، وتعيينه مستشارًا له للشؤون الأمنية.