استنكر مجلس كنائس مصر التصريحات تجاه شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب، وقال المجلس فى بيان له "إن مجلس كنائس مصر يستنكر بشدة التصريحات العدائية تجاه شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب الذي يُعَد قيمة وقامة كبرى، والمشهود له بوطنيته الصادقة، وتاريخه النزيه. وأعربت الكنيسة الكاثوليكية عن امتعاضها من التصريحات الصادرة من رئيس وزراء تركيا رجب طيب أردوغان والتي أساء فيها لشيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب. وأكدت في بيان لها أن شيخ الأزهر قامة كبيرة لا تنالها الإساءات الصغيرة، كما أن الأزهر الشريف رمز للإسلام الوسطي في العالم كله، ورمز لمصر كلها بمسيحييها ومسلميها.