سادت حالة من الارتباك داخل صفوف الأحزاب الإسلامية، بعد وضع لجنة "الخمسين"، مادة تحظر إنشاء الأحزاب على أساس ديني في تعديلات الدستور الجديد، ما يسمح بإلغاء معظم الأحزاب الإسلامية، لقيامها على مرجعية دينية. ورفض عضو الهيئة العليا لحزب "النور" وممثل الحزب داخل لجنة "الخمسين" الدكتور صلاح عبدالمعبود، وضع مادة تحظر الأحزاب على أساس ديني، معتبرًا أنها كلمة فضفاضة ولها أكثر من معنى وغير منضبطة. وألمح أن الحزب سيعمل على إقناع أعضاء لجنة "الخمسين" بعدم وضع المادة، لأنها ستثير حالة من الفزع داخل صفوف الحزب والدعوة السلفية، مشيرًا إلى أنها لم تكن موجودة في الدستور من قبل إلا في تعديلات دستور 2007، وتعادى حرية التعبير عن الآراء. وأوضح نائب رئيس حزب الوطن، الدكتور يسرى حماد، أن دستور "2012"، الذي وضعه أغلبية من الأحزاب الإسلامية لم تلجأ إلى وضع مادة لحظر الأحزاب الشيوعية ولا الليبرالية، وعملت على حريات الأحزاب الأخرى، وأكد أن لجنة "الخمسين" لم تمثل الشعب المصري ككل، وليست توافقية، وتريد إقصاء الأحزاب الإسلامية من المشهد السياسي تمامًا، بحظرها لأنها قائمة على مرجعة دينية. بينما أوضح أمين عام حزب "البناء والتنمية" علاء أبو النصر، خطورة مادة حظر إنشاء الأحزاب على أساس ديني في الدستور الجديد، وستسمح لأي شخص أن يقيم دعوة ضد أي حزب من الأحزاب الإسلامية وسيتم حالها وحظرها.