تباشر هيئة التحقيق  ، برئاسة المستشار  هشام عبدالمجيد ، وعضوية المستشارين خالد العمري وأحمد عبدالتواب ، تحقيقات موسّعة في القضية رقم " 173 لسنة 2011 " ، والمعروفة إعلامياً بـ " التمويل الأجنبي لكيانات المجتمع المدني "واستمعت الهيئة، خلال الفترة الماضية، إلى أقوال مقدمي البلاغات ضد هذه المؤسسات وذالك للتأكد  فيما نسب إليها من اتهامات ، والتحري عن صحة وقانونية هذه الجهات ومشروعية تمويلها من عدمه ، وكلفت الأجهزة الأمنية ، بإجراء التحريات عن أشخاص متهمين في القضية، واستبعدت في وقت سابق ،  3000 منظمة حقوقية وجمعية أهلية من القضية ، وذالك بعد التأكد من سلامة موقفهم القانوني.

وأوضح مصدر قضائي إلى " مصر اليوم " ، أن الهيئة تسلمت معلومات جديدة حول تورّط أكثر من 250 منظمة حقوقية ، في تلقي تمويلات من الخارج ، وأضاف المصدر ، أن التحقيقات كشفت عن  تلقي قرابة 49 منظمة حقوقية وجمعية أهلية تمويلاً من الخارج أجنبياً وعربياً، منها 25 تم الإعلان عنهم منذ سنوات، و24 كيانا آخرين تم كشفهم خلال التحقيقات في القضية.

وتابع المصدر ،أن من بين المتهمين نشطاء سياسين وبرلمانيين سابقيين وشخصيات تابعة إلى جماعة الإخوان المحظورة ، رافضاً الإفصاح عن أسمائهم ، مبيناً أن الفترة المقبلة ستشهد  عدد من القرارات  الحاسمة في القضية ، من حيث تبرئة وإدانة عدد من المنظمات الحقوقية المذكورة أسماؤها  في محضر التحريات والبلاغات ، كما ستتضمن  هذه القرارات ، إتخاذ  إجراءات قانوينة في مواجهة عدد من المتهمين واستدعاء آخرين للمثول أمام جهات التحقيق .

وأضاف المصدر ، أن  هيئة التحقيق استعانت ، خلال التحقيقات ، بعدة لجان من عدة جهات أبرزها البنك المركزي والتضامن الاجتماعي ووزارة المالية، للوقوف على المخالفات التي قامت بها تلك الجمعيات، والمتمثلة فى إنشاء جمعيات دون موافقة الجهات المسؤولة وعدم إظهارها لدى وزارة المالية أو وجود ملف ضريبي لها أو إخطار الدوله بالمبالغ التي دخلت لها من جهات غير رسمية، مبيناً أن الهيئة استندت في التحقيقات للقانون رقم 84 لعام 2002 الخاص بالجمعيات الأهلية.

وتعد هذه القضية ، واحداة من  القضايا التي آثارت ضجةً واسعة لدى الرأي العام ، خلال السنوات الأخيرة ، نظراً لحساسيتها ، وما تمسه من خطراً شديداً على الأمن القومي المصري ، في ظل ما يحاك له من مؤامرات في الداخل والخارج ، وتعود أحداث القضية إلى منتصف عام 2011 ، عندما  أمر مجلس الوزراء آنذاك وزير العدل بتشكيل لجنة لتقصي الحقائق للنظر في التمويل الأجنبي الذي تحصل عليه منظمات المجتمع المدني وتحديد ما إذا كانت تلك المنظمات مسجلة بموجب القانون من عدمه.  ويضم تقرير لجنة تقصي الحقائق ، تقارير مقدمة من جانب الأجهزة الأمنية ، وعلى رأسها جهاز الأمن الوطني، وجهاز المخابرات العامة.

ووفقاً للتقرير الذي أعدته لجنة تقصي الحقائق ، فإن هناك أكثر من 20 منظمة ، متهمة بتلقي تمويلات من الخارج ، أبرزها مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، المعهد المصري الديمقراطى، والمصري للحقوق الاقتصادية، ومركز هشام مبارك للقانون، والمنظمة العربية للإصلاح القانونى، ومركز الأرض لحقوق الإنسان، ومركز دار المستقبل للاستشارات القانونية، والجمعية الوطنية للدفاع عن الحقوق والحريات، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، والمكتب العربي للقانون، والمؤسسة العربية لدعم المجتمع، ومؤسسة التعزيز الكامل للمرأة والمجتمع، والمركز المصري لحقوق التعليم، ومحامو العدل والسلام, ومؤسس حزب الإصلاح والتنمية.

وتضمن تقرير اللجنة ، اتهام عدد من النشطاء السياسيين بتلقي تمويلات من الخارج ، من بينهم الناشطة السياسية أسماء محفوظ، وإسراء عبدالفتاح، والناشط السياسي وائل غنيم، ومدير الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان " جمال عيد " ، والناشط  الحقوقي حسام بهجت ،وآخرين.

وفي حزيران /يونيو 2013، عاقبت محكمة جنايات القاهرة ، 43 من العاملين المصريين والأجانب في عدد من منظمات المجتمع المدني ، بالسجن لمدد تتراوح بين سنة و5 سنوات، كما أمرت المحكمة بإغلاق المنظمات المعنية، وهي المعهد الجمهوري الدولي، والمعهد القومي الديمقراطي، وفريدم هاوس، والمركز الدولي للصحافة، ومؤسسة كونراد أديناور.