قضت محكمة القضاء الإداري بالاسكندرية الدائرة الاولى بالبحيرة برئاسة المستشار الدكتور محمد عبد الوهاب خفاجى نائب رئيس مجلس الدولة ، بأنه لا يجوز هدم الكنائس أو تحويلها لغير غرض العبادة ، وأوقفت المحكمة بيع بطريركية الروم الأرثوذكس الكنيسة للغير بقصد هدمها، معتبرة أن ذلك الأمر يعد مخالفا للنظام العام ولحكم المحكمة الدستورية العليا الذى ساوى بين المسجد والكنيسة فى كونهما دارا للعبادة.

ولأول مرة قبلت المحكمة تدخل البابا تواضروس فى الدعوى بهدف حماية كنيسة من هدمها باعتباره رمزا دينيا للديانة المسيحية بغض النظر عن الطوائف والملل، وأكدت أيضا على حظر هدم الكنيسة ولو بيعت بعقد مسجل ولو صدر حكم بها لأن حكم الدستورية سابق عليها ويسمو على جميعها ، وأكدت كذلك أن لجنة الفتوى بالأزهر الشريف ردا على استفسار المحكمة إنتهت إلى أنه لغير المسلمين فى ديار الإسلام حق حماية دور العبادة الخاصة بهم فلا تهدم كنائسهم وإذا تهدمت يجب إعادتها كنيسة .

وناشدت المحكمة مجلس النواب بتنفيذ رغبة المشرع الدستوري بالإسراع في إصدار قانون تنظيم بناء وترميم الكنائس في أول دور انعقاد له .. مؤكدة على أن الكنائس كالمساجد ليست محلا للبيع أو الشراء وتعد دارا للعبادة بمجرد الصلاة فيها ، ونوهت إلى أن المحكمة الدستورية أصدرت منذ 12 سنة حكما بتساوى الكنيسة مع المسجد كدار عبادة ، وحكم الدستورية يسمو على العقود المسجلة والأحكام اللاحقة لصدور حكم الدستورية ، وأكدت المحكمة انها تستنهض عدلها لرد العدوان من أى سلطة على قضاء المحكمة الدستورية وعلى دار عبادة .

وأشارت المحكمة إلى أنه قد ثبت لديها بيقين أن العين محل الدعوى كنيسة تم هدم أجزاء منها ومن ثم فلا يجوز أن تكون محلا للبيع حتى ولو تهدمت كليا حيث يتعين ترميمها أو إعادة بنائها مرة اخرى بوصفها دار عبادة لا يجوز تغيير الغرض المخصصة لاجله ، ولما كان المفهوم الصحيح للقرار الإدارى السلبى أن يقوم إمتناع الجهة الإدارية عن إتخاذ قرار كان من الواجب عليها اتخاذه قانونا وذلك يكون بداهة فى الحالات المشروعة التى يشكل الإمتناع فيها الركن الركين في القرار الإدارى السلبي أما في الحالات غير المشروعة أصلا مثل كون محل القرار المطعون فيه هدم كنيسة مشمولة بالحماية الدستورية والقانونية

 فلا يكون هناك ثمة واجب على الجهة الإدارية فى إصدار مثل هذا القرار قانونا ويكون إمتناعها عن إصداره والحال كذلك متفقا وصحيح حكم القانون ومن ثم يضحى امتناع جهة الإدارة عن إصدار ترخيص بهدم الكنيسة محل التداعى قائما على سبب صحيح يبرره قانونا.