قدّمت جماعة الإخوان المسلمين، اعتذارًا لبابا الفاتيكان البابا فرنسيس عن وصفه بـ"بابا الإرهاب"، خلال زيارته لمصر في أواخر أبريل الماضي، واتهام قوات الأمن المصرية التي كلفت بحراسته بأنها "ميليشيات مسيحية
".
وقال إبراهيم منير، نائب المرشد العام لجماعة "الإخوان" متوجهًا إلى وزير الخارجية البريطاني بوريس جونسون: "لقد صدمني ما ذكرتم من أن بعضا ممن ينتسبون إلى فكر الجماعة أساء إلى رمزية البابا فرنسيس إبان زيارته للقاهرة في نهاية شهر مارس/ آذار 2017 (...)، وهو الأمر المرفوض تمامًا والمخالف لفكر ومبادئ الجماعة
".
واستدرك: "حتى ولو قام من أساء إلى مقام البابا بنشر آرائه في إحدى وسائل الإعلام المعبرة عن حزب الحرية والعدالة (الذراع السياسية للإخوان) أو ادعى أنه يتحدث باسم هذه المؤسسة في تغريدته المنسوبة إليه وحتى أيضا لو سارع بسحب تغريدته المسيئة والمرفوضة تمامًا
".
وفي وقت سابق من هذا الشهر، وجه وزير الخارجية البريطاني، انتقادات إلى جماعة "الإخوان" والجهات المرتبطة بها في كلمة دعا فيها إلى حملة دبلوماسية غربية جديدة في الشرق الأوسط لمواجهة "التطرف الإسلامي
.
وقال جونسون "من الخطأ أن يستغل الإسلاميون الحريات هنا في المملكة المتحدة -حريات التعبير والتجمع- التي يقمعها أتباعهم في الخارج. ويظل من الواضح تماما أن بعض أتباع الإخوان المسلمين مستعدون لغض الطرف عن الإرهاب
".
وأضاف: "كان من المشين عندما ذهب البابا بزيارة إلى مصر، أن وصفه الإخوان المسلمون على أنه "بابا الإرهاب"، واتهموا قوات الأمن المصرية التي كلفت بحراسته بأنها "ميليشيات مسيحية"، وأشار إلى أنهم "سعوا مرارًا وتكرارًا إلى التستر على جرائم داعش. وحتى بعد أن ادعى داعش المسؤولية عن الهجوم على كاتدرائية القديس مارك في الإسكندرية، في أحد الشعانين، أنحى ناطق باسم الإخوان المسلمين باللوم على حكومة 

وتبرأ نائب مرشد "الإخوان" من التصريحات المسيئة لبابا الفاتيكان، قائلاً: "المتحدث الرسمي فقط أو من يمثل الجماعة هم الذين يجب أن تحاسب الجماعة على أخطائهم مثل أي جماعة أو هيئة أو منظمة في العالم وهو ما لم يصدر عن أي منهم أي شيء يسيء إلى الزيارة
".
وتابع: "فإني أبادر الآن باسمي وباسم جماعة الإخوان المسلمين وكل فرد ينتمي إليها بأن أتقدم إلى مقام البابا بالاعتذار عن أي إساءة صدرت من أحد يدعّي أنه ينتسب إلى الجماعة أو أي شخص آخر حاولت (السلطة في مصر) نسبته إلى الجماعة
".
وشدد منير على أن "جماعة الإخوان لم تتستر إطلاقًا على أي عمل إجرامي تقوم به أي جهة في مصر أو في أي مكان بالعالم، وهو ما يعد اتهاماً ظالمًا للجماعة ظلمًا كبيرًا، إن حاول البعض القول به أو ادعاءه".

واتهم نائب مرشد "الإخوان"، السلطات الأمنية في مصر، بأنها تحاول أن تتستر على مرتكبي حوادث العنف التي تستهدف دور العبادة، عبر اتهام "الجماعة"، قائلا إن "مثل هذه الجرائم التي تحدث تتضمن دائمًا ما يقول عنه المصريون (تسكين الجريمة) بمعنى أن أي جريمة تقع يعجز الأمن عن معرفة الجاني فيها يتم نسبة الفاعل لها إلى شخص أو جهة أخرى غالبًا ما يكونون براء منها".

ودلل منير بواقعة مقتل الطالب الإيطالي ريجيني، قائلا إن "المتهم الحقيقي فيها والواضح لدى كل الناس هو جهاز الأمن الذي ألقى القبض عليه"، زاعما أنه "في محاولة لإغلاق الملف بنفس طريقة (تسكين الجريمة) قام الأمن بقتل مجموعة من خمسة أشخاص في إحدى السيارات في وضح النهار وأمام عامة الناس وادعاء أنهم هم الذين قتلوا هذا الطالب
".
واستطرد قائلا: "بالنسبة إلى ما يحدث مع الكنائس الذي يدعّي الأمن أنه يعمل على حراستها ثم يتم الاعتداء عليها، فلم يعد من العدل أو المقبول إسناد الجريمة إلى المجهول البعيد الذي لا يُعرف أهو تنظيم إرهابي فعلا أم جهاز الأمن نفسه ليجري على نفس النمط في محاولة لإغلاق الملف
".
إذ ألمح منير إلى تورط الأمن في حادثة مقتل 53 مسيحيًا في مايو الماضي أثناء رحلة لهم خارج مدينة المنيا، عبر قوله إن "الرحلة لم يكن يعلم عنها شيئًا غير مسؤولي الكنيسة وجهاز الأمن الذي كان يجب عليه مواكبة الرحلة بحراسة لتكرار هذه الحوادث في تلك المنطقة. واعتمدت الدولة على تحميل جهة إرهابية بالمسؤولية عن الحادث لغسل يديها منه"، متسائلا: "فهل يمكن أن يكون هذا مقبولا
".
وخلُص تقرير للحكومة البريطانية في 2015 في شأن الجماعة إلى أن الانتماء أو الارتباط بها يجب أن يعد مؤشرًا محتملاً للتطرف، لكنه لم يصل إلى حد التوصية بضرورة حظرها.​