طالب أسقف شبرا نيافة الأنبا مرقص الرئيس محمد مرسي بفتح الكثير من الملفات المغلقة التي تؤلم المواطنين الأقباط، ووصف لقاءه مع رؤساء الطوائف المسيحية بأنه كان ودودًا وإيجابيًا ورائعًا، ولكن ماطرح فيه يحتاج إلى التطبيق، وأشار إلى أنهم طالبوا الرئيس بالتدخل لتغيير الخطاب الديني في دور العبادة وفي الفضائيات ووسائل الإعلام وبتغيير المناهج الدراسية والعمل على تعيين ذوي الكفاءة والخبرة في المناصب العليا في البلاد دون تفرقة بين أبناء الوطن الواحد، وقال إنه ضد مايثار من دعوات للهجرة لخارج البلاد مطالبا الأقباط بالتمسك بوطنهم . وأكد أسقف شبرا فى تصريحات له ،الثلاثاء، على هامش مشاركته في اللجنة البابوية المشرفة على احتفالات مولد القديس ماري جرجس في جبل الرزيقات جنوب الأقصر ،أن وحدة المصريين والنسيج الواحد الذى يجمعهم بات في خطر ، فى إشارة إلى تكرار حوادث تهجير الأقباط من مدنهم وقراهم ، وانتقد نيافة الأنبا مرقص أسقف شبرا وعضو وفد الطوائف المسيحية الذى التقى الرئيس محمد مرسى أخيرا تصريحات أحد السلفيين بأنه لن يهنىء البابا الجديد للأقباط ووصفها بأنها تصريحات تزيد من الاحتقان الطائفي بين أبناء الوطن الواحد ، وأن مواقف وتصريحات البعض تجاه الأقباط لاتمت للإسلام بصلة وأن الإسلام برىء منها .  وقال نيافة الأنبا أن عقلاء المسلمين نجحوا فى إخماد فتنة طائفية كادت تتفجر في شبرا إثر قيام مجموعات من المسلمين بدخول أرض مملوكة للكنيسة والصلاة فيها 3 مرات ووضع لافتة في مدخلها "مسجد عباد الرحمن"، وأضاف أنه منع الآقباط من الاقتراب من المكان حتى انتهت الأزمة على يد عقلاء المسلمين والآقباط الذين التزموا بضبط النفس لتجاوز الأزمة .