عقب ثورة 25 يناير، وصلت جماعة الإخوان المسلمون إلى سدة الحكم في مصر، مما أحدث توتر من وصول الجماعة للحكم لدى بعض فئات المجتمع ومن بينهم الأقباط . وقد أثيرت عدة تساؤلات حول شكل العلاقة بين الكنيسة وجماعة الإخوان أو حزب الحرية والعدالة ذراعها السياسي في مصر، خاصة بعد ظهور التيار الإسلامي على السطح بما يتضمنه من بعض التيارات المتشددة التي تثير تخوفات الكثيرين من أقباط ومسلمين، وكيف ستكون التعامل مع هذه التيارات بأفكارها المختلفة. تقول عضو مجلس الشعب السابقة مارجريت عازر: "ما يهمني هو أن يتعامل الإخوان ومؤسسة الرئاسة مع المسيحيين باعتبارهم شركاء في هذا الوطن "حلوة ومرة" وغير مقبول إقصاؤهم عن دورهم الوطني ، فهم لهم نفس الحقوق وعليهم نفس الواجبات التي للمسلمين تماما وفقا للعدل والقانون". وأضاف راعى الكنيسة القبطية في كندا أنجيليوس -خلال تواجده بالقاهرة هذه الأيام للمشاركة في فعاليات كنسية- أن الكنيسة ترفض أي شكل من أشكال التطرف أيا كان نوعه، فهو مرفوض ولا تتعامل الكنيسة معه ، بل وستطالب الكنيسة بموقف من جانب الدولة تجاه هذه التيارات. وأوضح أن البابا الجديد سيسير بنفس طريقة البابا شنودة برفض أي مساس بالمواطن القبطي أو أي نوع من التطرف تجاهه أو المساس بحق المواطنة والمساواة بين الأقباط والمسلمين، وأننا سنطالب الدولة برفض مثل هذه التيارات المتطرفة. وأشار أمين عام الجمعية المصرية للتنوير إسحق حنا، إلى أن المسيحيون يؤمنون بأن الرب يحمى كنيستهم، ومن هذا المنطلق الإيماني يمتلئ البابا الجديد بالثقة في أن الله يحفظ سلام الكنيسة وسبيله إلى ذلك التعبد والروحانية والصلاة والصوم، ومن ثم فإن أبناء الكنيسة في الوطن سيتعمقون في معترك السياسة ، وسيحاول توصيل مطالبهم بحقوقهم المدنية والحضارية بما يحفظ الوطن وأمن الكنيسة. لم يختلف كثيرا معهم القيادي بجماعة الإخوان المسلمين وعضو مجلس الشعب السابق  عزب مصطفى  حينما قال إن كل محاولات الوقيعة المسبقة بين جماعة الإخوان المسلمين أو حزب الحرية والعدالة الذراع السياسي لها وبين الكنيسة تحت قيادة البابا الجديد فمصيرها الفشل، وستكون العلاقة على أحسن ما يكون سياسيا أو اقتصاديا لأنها سيحددها الدستور والقانون بوضوح ، أمام في أمور الدين الخلافية سنطبق مبدأ " لكم دينكم ولى دين" . أضاف عزب مصطفى أنه هناك تشاور وزيارات متبادلة بين الجماعة والكنيسة ،وما يفتعل من أزمات نحن أعلم جميعا أنها كانت من صناعة النظام السابق ، موضحا أن الفتنه الطائفية ابتدعها أناس وبشر يتبعون المثل المعروف " فرق تسد" ، والإخوان يرون أن الأقباط لهم حقوق المواطنة كاملة ، حيث أنهم جزء من نسيج الوطن فهم شركاء فيه كجزء أصيل.