حملت القوى السياسية المعارضة في السودان حكومتي الخرطوم وجوبا مسؤولية تدهور الأوضاع بين الدولتين. وطالبت بضرورة تحكيم صوت العقل وفتح قنوات الحوار المباشر واستثمار العلاقات التاريخية بين الشعبين لتهدئة الخواطر وقطع الطريق أمام تدويل القضايا العالقة.  وأشار الناطق الرسمي باسم حزب البعث العربي الاشتراكي محمد ضياء الدين، في تصريح لصحيفة "آخر لحظة" الصادرة بالخرطوم الأحد 10 فبراير، إلى أن المجتمع الدولي سيفرض إرادته على الدولتين حال فشلهما في حل القضايا الخلافية، ولم يستبعد اللجوء إلى استخدام الفصل السابع للتدخل العسكري في السودان. وشدد الناطق على ضرورة إسراع الحكومة في القيام بجملة إجراءات سياسية وقانونية عبر إعادة الاعتبار للقوى السياسية المعارضة للمشاركة في صياغة مستقبل البلاد والدفاع عنها. ونوه إلى أهمية قبول مقترح قوى الإجماع الوطني بتشكيل سلطة انتقالية بمشاركة كافة القوى الوطنية من أجل معالجة الأخطاء التي لازمت السياسة الداخلية من أجل تقويتها لمواجهة أي تدخل خارجي في الشئون الداخلية للبلاد. من جانبه، حذر علي نايل القيادي بالحزب الاتحادي الديمقراطي "الأصل"، من خطورة الاستخفاف بالجهات التي قال إنها تقف وراء حكومة الجنوب، موضحا أن الجنوب ينفذ أجندة هذه الجهات وأنه لن يتجاوب مع مساعي السلام التي يقودها السودان. ولفت نايل النظر إلى أهمية "الضرب بيد من حديد" على الخونة والمارقين وحماية حدود البلاد من أي تدخل خارجي. أما السفير نجيب الخير الناطق الرسمي باسم الأمانة العامة لحزب الأمة القومي، فقد أرجع توتر الأوضاع بين الجنوب والشمال إلى ما سماه "اتفاق نيفاشا الهش"، وقال إن حزب "المؤتمر الوطني" الحاكم وقع على الاتفاق من أجل الاحتفاظ بنسبة 70 % من السلطة في الشمال.  وتوقع الخير عودة الحرب مرة أخرى بين الدولتين بسبب ما وصفه بعدم مخاطبة الاتفاق الرئيسي للقضايا الجوهرية بين الجانبين، منوها إلى أن "الوطني" بحاجة إلى نيفاشا جديدة للاتفاق على القضايا الجوهرية بين الطرفين.