حصل معهد جنوب مصر للأورام على الاعتماد الأكاديمي من الهئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد ليحتل بذلك المرتبة التاسعة على مستوى كليات جامعة أسيوط، في الحصول على الاعتماد، وذلك بعد كليات العلوم، والهندسة، والطب البيطري، والطب البشري، والصيدلة، والزراعة، والتربية والآداب. وأكد عميد المعهد الدكتور مصطفى الشرقاوي أن بذلك القرار يكون معهد جنوب مصر للأورام أول معهد أكاديمي مانح لدرجتي الماجستير والدكتوراه في مصر ليحصل على الاعتماد، وهو ما يُعد فخرًا ونجاحًا جديدًا يضاف إلى سجل إنجازات جامعة أسيوط، موضحًا أن رحلة الحصول على الاعتماد بدأت منذ عام 2009 في مشروع إنشاء وحدة ضمان الجودة في المعهد، الذي استغرق عام ثم أعقبه في 2012 التقدم في الدورة السابعة لمشروع "CIQAP"، كما تم في 2013 التقدم في الدورة الثامنة لنفس المشروع.

 أضاف عميد المعهد أن خلال تلك الأعوام نجح المعهد فى إنجاز عدد من الخطوات الهامة للتأهيل إلى الاعتماد وذلك بفضل عمل مستمر ومجهود وتنسيق متواصل تعاون فيه أعضاء هيئة التدريس ومعاونيهم والعاملين فيه، تتضمن تطوير منظومة العمل في وحدة ضمان الجودة من خلال لائحتها الداخلية، بما يضمن تعزيز الأنشطة والمهام للحصول على الاعتماد وكذلك إعداد تقارير سنوية لمتابعة أداء المعهد منذ 2013 وحتى 2016، التي أظهرت قيام المعهد بأنشطة المتابعة والتطوير مع التقييم الأداء، فيما يخص القدرة المؤسسية والفاعلية التعليمية للمعهد وتأهيله إلى الاعتماد.

 كما تم كذلك وضع خطة إستراتيجية للعمل في الفترة من 2012 إلى 2017، التي تم تقييمها من قبل لجنة للمراجعة، وذلك لتحديد مستويات الإنجاز للأهداف الإستراتيجية خلال الأعوام السابقة وتحليل مستويات الإنجاز وتحديد أسباب النجاح والقصور في التنفيذ وذلك لتطوير مستوى الأداء وتقدمه بشكل مستمر.