توفي أمام وخطيب مسجد "المجاهدين" في وسط سيناء، عقب السلام من صلاة الجمعة، وتم نقل جثته للمستشفي.
وبحسب بيان لمديرية أوقاف شمال سيناء جاء فيه:"في هذا اليوم الجمعة، وبعد أن أتم الخطبة وصلى بالناس، وبعد السلام في صحن المسجد، توفي إلى رحمة الله تعالى الشيخ شميس علي فرج، إمام وخطيب مسجد المجاهدين في الجفجافة شمال سيناء، وهو صائم"، كما أضاف البيان:"إنا لله وإنا إليه راجعون، اللهم ارحمه واغفر له ووسع مدخله، وأكرم نزله، ولا حول ولا قوة إلا بالله".