قرّرت لجنة الخمسين لتعديل الدستور إلغاء مجلس الشورى في الدستور الجديد، وذلك بعد التصويت بـ 23 صوتًا مؤيدًا لإلغاء الشورى، مقابل 19 صوتًا رافض، وأعلنت عن أن بث جلساتها على الهواء مباشرة سيكون أثناء التصويت على المواد بصورة نهائية. ووافقت لجنة الخمسين على مقترح لجنة الخبراء بنقل العاملين في مجلس الشورى إلى مجلس الشعب، بدرجاتهم الوظيفية ورواتبهم نفسها، فيما اعترض العاملون على إلغاء المجلس. وبلغ عدد الحاضرين في اجتماع الجلسة المغلقة، الخميس، برئاسة عمرو موسى، 44 عضوًا، من إجمالي 50 عضو، هم عدد أعضاء اللجنة، وشهدت الجلسة خلافًا، لمدة ثلاث ساعات، بين المؤيدين والرافضين لبقاء مجلس الشورى.
وأكّدت مصادر من داخل اللجنة، في تصريح إلى "مصر اليوم"، أن "فريق يرفض بقاء المجلس بقيادة عضو اللجنة سامح عاشور تنافس مع فريق آخر بقيادة عمرو موسى، والذي يؤيد بقاء المجلس".
وأوضحت المصادر أنّ "كل فريق عرض وجهة نظره في سواء بقاء أو إلغاء مجلس الشورى، حيث أكّد سامح عاشور أن مصاريف مجلس الشورى تتعدى الـ 500 مليون جنيه شهريًا، بسبب رواتب الأعضاء، ومصاريف انعقاده، وليس له أية قيمة فعلية، أما الفريق الآخر بقيادة عمرو موسى أكّد أنه من الصعب الاستغناء عن المجلس، لأنه قائم منذ أعوام، وله قيمة تاريخية كبيرة، ويمكن إحداث بعض التغيرات عليه".
وأشارت المصادر إلى أنه "تم إقناع باقي الأعضاء في اللجنة  أن مجلس الشورى كان أداءه سيئًا طوال الفترة السابقة، والشعب المصري يرفض وجوده، بالإضافة إلى مسألة الموازنة المخصصة للمجلس". وشهدت أروقة مجلس الشورى، عقب انتهاء جلسة لجنة الخمسين لتعديل الدستور، مشادة كلامية بين المقرر المساعد للجنة الدكتور أحمد خيري ورئيس اللجنة عمرو موسى، على خلفية رفض الأول لإلغاء الشورى. وأوضح خيري، مخاطبًا موسى، "سوف أعلن عن أن ما حدث مخالف، حيث أن التصويت جاء بنسبة 70%، وهو مخالف للائحة اللجنة، المواد كلها تم تمريرها في هذا النسق"، مهددًا بالانسحاب من اللجنة، حال بقاء التصويت في هذه النسبة. وردّ موسى مبينًا أن "التصويت جاء بالديمقراطية، على الرغم أنه ضد رغبتي". وحاول الدكتور عبد الجليل مصطفى التدخل لتهدئة الأمر، إلا أن الدكتور أحمد خيري زاد انفعاله، مؤكّدًا أن "إلغاء الشورى يترتب عليه إلغاء نسبة العمال والفلاحين"،  وأشار إلى أنّ "التصويت داخل لجنة نظام الحكم تم على بقاء البرلمان بغرفتيه". ومع انفعال الدكتور أحمد خيري تدخل ممثل حزب "النور" السلفي الدكتور محمد إبراهيم رمضان، وطلب التوجه للجلوس في قاعة مغلقة، بغية استكمال الحديث، بعيدًا عن الإعلام.
وأوضح المتحدث الرسمي باسم لجنة الخمسين لتعديل الدستور محمد سلماوي أن "اللجنة استمرت جلستها ما يقرب من 5 ساعات، بغية مناقشة بقاء مجلس الشورى، من عدمه، وكان منهم أربع ساعات في نقاش بشأن الموضوع وليس النصوص". وأضاف، في تصريحات للمحررين البرلمانيين، أن "بعض الأعضاء تقدموا باقتراحين، الأول إلغاء الشورى، على أن يقرر مجلس الشعب قرار إعادته، والثاني يأخذ قرارًا بالإبقاء على غرفتين، على أن يؤجل تطبيقه لمدة دورة برلمانية".وبيّن سلماوي أنه "من حق مجلس الشعب المقبل إعادة مناقشة مدى ضرورة إعادة مجلس الشورى، لاعتبار أن من حقه تعديل مواد الدستور"، لافتًا إلى أن "التصويت على إلغاء مجلس الشورى، الخميس، جاء استرشاديًا، أي أن لجنة نظام الحكم ستعيد النصوص الخاصة بالبرلمان، ليتم التصويت عليه بصورة نهائية". وأرجع سلماوي سبب امتناع ممثل القوات المسلحة اللواء مجد الدين عن التصويت على إلغاء مجلس الشورى إلى "انفعال بعض الأعضاء أثناء التصويت، واعتراض بعضهم على القرار". وفي سياق متصل، أعلنت لجنة الخمسين لتعديل الدستور عن أن بث جلساتها على الهواء مباشرة سيكون أثناء التصويت على المواد بصورة نهائية، عقب إقرار صياغتها من لجنة الخبراء العشرة.وأوضحت اللجنة، في بيان لها، الخميس، أن ما يحدث الآن إقرار مبدئي لمواد المسودة الأولية. يذكر أن اللجنة أقرت حتى الأن نحو ٧٥ مادة من مواد الدستور، التي ستزيد قليلاً عن مئتي مادة.وأصدر العاملون في مجلس الشورى بيانًا، بغية الاعتراض على محاولات إلغاء المجلس، بحجة توفير النفقات، جاء فيه "لا شك أن جميعنا حريص على مستقبل مصر, سواء مواطنون عاديون أو أعضاء لجنة الدستور, ومن هذا المنطق نود توضيح الآتي، كيف توافقون، بعد ثورتين متتالتين، على تقليل تمثيل المواطنين في البرلمان، بعد أن كان النواب 445+270(715)، ليصبح العدد 445، بعد خصم نواب الشورى, وأين ستحققون عدالة تمثيل المرأة والأقباط والفئات المهمشة، علاوة على صنع تشريعات جيدة، غير عرضة للطعن".
وأشار البيان إلى أنه "إن كان كبر عليكم 50 أو 60 مليون جنيه سنويًا موزعة على 270 عضوًا ( بعد خصم مرتبات العاملين من 150 مليون جنيهًا ميزانية المجلس) فإننا نضع تحت نظركم الآتي (رغم عدم موافقتنا على هدم المؤسسات القائمة) توفيرًا للنفقات، أن إصدارات الصحف القومية، التي لا تقل عن 10 إصدارات , فلماذا لم يكتف بجريدة واحدة قومية، توفيرًا للنفقات، لاسيما وأن لدينا صحف خاصة، وحزبية، بما فيه الكفاية".