تظهر أولى علامات عدم الرضى عن الجنس في عمر مبكر خلال الطفولة، إذ يرفض الطفل ارتداء الملابس التقليدية المرتبطة بجنسه، مثلاً يفضل الصبي ارتداء فستان أو تفضل الفتاة ارتداء أحذية مخصصة للأطفال الذكور.

و يرفض الطفل المشاركة في الألعاب أو النشاطات المخصصة لأبناء جنسه، مثل اللعب بالدمى الذي يعتبر مخصصاً للفتيات، في معظم الحالات تكون هذه التصرفات جزءاً من عملية التطور النفسي والسلوكي الطبيعي للطفل الذي يعتريه الفضول والرغبة في اختبار الحياة من وجهة نظر إخوته مثلاً، أما في حالة اضطراب الهوية الجنسية فتستمر هذه الاهتمامات غير التقليدية خلال المراهقة وصولاً إلى سن البلوغ، لذلك يشعر البالغون المصابون بهذا الاضطراب أنهم محتجزون في جسد لا ينتمون إليه. ومن الصعب تصحيح هذه المشكلة.

ويشعر المصابون باضطراب الهوية الجنسية بالاستياء بسبب اضطرارهم للتصرف بشكل مخالف لهويتهم الجنسية في المناسبات الرسمية والاجتماعية، كما يقومون بمحاولة التخلص من الصفات الجسدية التي تعبر عن الانتماء إلى جنس ما أو إخفائها، مثل الثديين والشعر الطويل لدى الأنثى وشعر الوجه والجسد لدى الذكر.

ويهدف العلاج على اختلاف أنواعه إلى التعامل مع القلق وعدم الارتياح الذي يرافق هذا الاضطراب، لذلك يعتمد العلاج على الحوار مع الطبيب النفسي حول الاضطرابات النفسية المرافقة لاضطراب الهوية الجنسية أو المسببة له، وبعض المصابين يختارون أن يقدموا على خطوات فعلية من أجل تحويل مظهرهم الجسدي لكي يتوافق مع هويتهم الجنسية، يعني ذلك ارتداء ملابس مخصصة للجنس الآخر أو تغيير الاسم من اسم مذكر إلى آخر مؤنث أو بالعكس، كما أن هناك بعض العلاجات الدوائية أو الجراحية التي تكون مفيدة في هذه الحالات منها:
نعلم أن فترة البلوغ تحدث في سنوات المراهقة المبكرة، ويتم في هذه الفترة تحول الفتى أو الفتاة إلى مظهر ناضج يحمل صفاتاً جسدية جنسية مثل ظهور الشعر على الوجه لدى الذكر، وبدء نمو الثديين وازدياد عرض الوركين لدى الأنثى.

وتتم هذه العملية بتأثير الهرمونات التي يزداد إفرازها بشكل متسارع، فإذا شخص اضطراب الهوية الجنسية في عمر مبكر يمكن وصف أدوية هرمونية تلعب دوراً معاكساً لتلك المسببة لظهور الصفات الجسدية الذكرية أو الأنثوية.

وهذا ما يمنح المراهق متسعاً من الوقت لكي يصل إلى سن البلوغ ويتخذ القرار المناسب حول هويته الجنسية، يجب أن يخضع منح هذه الأدوية إلى إشراف طبيب أطفال كما يجب إجراء استشارة نفسية للطفل، وتوضيح إيجابيات العلاج وسلبياته بشكل مفصل.

ويمكن أن يوصف لدى المراهقين والبالغين على حد سواء، ويهدف إلى تطوير صفات جسدية موافقة للجنس الذي يتوافق معه الشخص المعالج، وهذه العمليات بالتصحيح الجنسي أو إعادة تعيين الجنس  وهي طيف واسع من العمليات الجراحية التي تهدف إما إلى تغيير بعض الصفات الجسدية مثل الثديين أو زرع الشعر في الوجه، أو عملية تبديل الجنس بشكل كامل ويتم فيها تحويل الأعضاء الجنسية بالإضافة إلى الصفات الجسدية والعلاج الهرموني فيما بعد.

ويختار كل شخص الإجراء العلاجي الذي يناسبه بناء على اختيار الطبيب والنصائح التي يقدمها، كما يجب أن يستمر العلاج النفسي طوال الوقت لأن المصاب يقع تحت ضغط نفسي كبير بسبب صعوبة تقبل التغير الحاصل من قبل الأصدقاء والأقارب والأشخاص المحيطين بالمريض.