شهدت عملية الاستفتاء إقبالا غير مسبوق بمحافظة الأقصر بدأت مع الساعات الأولى من الصباح ومع بداية فتح اللجان. وأكد المراقبون لعملية الاستفتاء أنها تمت بمنتهى الحيدة ولم تحدث أي تجاوزات باستثناء تأخر 3 لجان عن الفتح في المواعيد المقررة والثلاثة في قرى بعيدة اثنتين منهما بسبب صعوبة المواصلات والثالثة بسبب تأخر وصول رئيس اللجنة التي تحمل رقم 49 وهي لجنة القرايا بإسنا جنوب الأقصر عندما تصاعدت بعض الأدخنة من سيارة رئيس اللجنة  المستشار محمد عبد الصبور وليس احتراقها كما نشرت بعض المواقع الإليكترونية. ولم تسجل غرفه العمليات التي أمر بتشكيلها محافظ الأقصر د.عزت سعد أي مخالفات أو انتهاكات لعملية الاقتراع. ومن ناحية أخرى أكد مساعد وزير الداخلية مدير أمن الأقصر اللواء أحمد ضيف صقر أنه لم يتم تحرير أي بلاغات أو مخالفات في الاستفتاء وأن عملية الاقتراع تمت بمنتهى الشفافية والنزاهة ولم يعكر صفوها أي منغصات حتى المخالفتين اللتان تم رصدهما انتهيا بهدوء وإحداهما كانت أمام لجنة مدرسة صلاح الدين عندما حدث احتكاك بين أحد أفراد القوات المسلحة الذي رصد مخالفة رفع أحد الصبية للافته تدعو بنعم للدستور وتم تداركها ولم يتم تحرير محضر بها والثانية بتوزيع إحدى السيدات لمنشور يحمل 44 نقيصة في الدستور وتطالب بالاستفتاء بقول لا. وأضاف مدير الأمن بأنه تفقد اللجان ولاحظ إقبال الجماهير على عملية الاستفتاء وأنها تمت بيسر واطمئن على تأمين جميع المقار الانتخابية حسب الخطة الموضوعة سلفا وهي تواجد الضباط خارج اللجان لتأمينها من الخارج ومنع أي محاولات للدعاية الانتخابية خارج اللجان وعدم دخول اللجنة إلا باستدعاء مباشر من رئيس اللجنة إذا حدث ما يعكر صفوها. وقال أن هناك تنسيق تام بين الشرطة والقوات المسلحة لتأمين الاستفتاء وأنه يتابع سير اللجان لحظة بلحظة وسيستمر حتى إعلان النتائج. من ناحية أخرى قام محافظ الأقصر د.عزت سعد بتفقد لجنة رقم 19 بمدرسة صلاح الدين الابتدائية وهي لجنة سيدات، وأطمئن على سير عملية الاستفتاء فيها. وأكد محافظ الأقصر أنه يتمنى أن يخرج الجميع للإدلاء بأصواتهم في هذا الاستفتاء كما يدعم العملية الديمقراطية الوليدة في مصر. وأمر سعد فورا بفصل لجنة المعهد الأزهري بقرية المحاميد، فور وصول شكوى من غرفة العمليات باستياء الناخبين من أنها لجنة مشتركة للرجال والنساء، وهو ما لا يتفق مع المعايير المطبقة على عملية الاستفتاء بمرحلتيها الأولى والثانية. وقال محافظ الأقصر إنه بغض النظر عن نتيجة الاستفتاء - سواء بقبول أو رفض الدستور - فأن أهالي المحافظة يأملون أن تستقر الأوضاع السياسية والأمنية في مصر بما يسمح بعودة السياحة إلى سابق عهدها، خاصة وأن أبناء الأقصر يعتمدون على صناعة السياحة بصفة رئيسية وقد عانوا كثيرا من تدهور معدلات التدفق السياحي منذ بدايات 2011 وحتى الآن.