قرّرت محكمة جنايات القاهرة المنعقدة داخل معهد أمناء الشرطة في طرة، برئاسة المستشار محمد شيرين فهمي، إحالة أوراق 20 متهما  في قضية "مذبحة كرداسة"، إلى المفتي، لأخذ رأيه الشرعي في إعدامهم شنقاً، وحددت جلسة 2 تموز/ يوليو للنطق بالحكم على باقي المتهمين. وتمكّنت الأجهزة الأمنية في مصر بالتنسيق مع القوات المسلحة - في 19 أيلول /سبتمبر من عام 2013 - من اقتحام  مركز كرداسة وتطهيره من البؤر المتطرفة وتوقيف عدد كبير من المتطرفيين، وتم إحالة 188 متهماً إلى النيابة العامة.
 
وجاء في أمر إحالة المتهمين إلى الجنايات: اشتراكهم مع آخرين في تجمهر من شأنه أن يجعل السلم العام في خطر، وارتكابهم جرائم القتل العمد مع سبق الإصرار، والشروع فيه والتخريب والسرقة والتأثير على رجال السلطة العامة في أداء أعمالهم باستعمال قاذفات صاروخية، وعبوات السوائل الحارقة المولوتوف والأسلحة البيضاء والعصى، وقطع حادة من الحجارة ولودر يستخدم في أعمال الهدم، وتوجهوا صوب المركز وأطلقوا القذائف الصاروخية تجاه السيارة المدرعة الخاصة بتأمين المركز والسور الخارجي، فقتلوا اثنين من أفراد الحراسة، وتمكنوا من اقتحام المركز وتهديد من فيه من رجال الشرطة بالأسلحة النارية والقذائف الصاروخية، والاستيلاء على الأسلحة الموجودة داخله، ثم قاموا بالتعدي على القوات بطريقة وحشية ثم أجبروهم بها على الخروج من مركز الشرطة واحتجزوهم داخل ورشة لإصلاح الدراجات بجوار المركز، وتناوبوا الاعتداء عليهم وتصويرهم على هذه الحالة لإذلالهم، ثم قام المتهم محمد نصر الغزلاني، بإطلاق النيران بكثافة صوب هؤلاء الرهائن، وعاودوا الاعتداء عليهم بقسوة حتى قتلوا ثلاثة عشر ضابطاً وفرد شرطة، واستمر بعضهم في إطلاق النار على جثامين الشهداء بعد وفاتهم.
 
 وأصدرت محكمة جنايات الجيزة في جلستها المنعقدة في معهد أمناء الشرطة في طرة، برئاسة المستشار محمد ناجي شحاتة - في 3 شباط / فبراير من عام 2015 - أحكاما رادعة في حق المتهمين، إذ عاقبت المحكمة 183 متهما بالإعدام شنقاً والسجن 10 سنوات لحدث وانقضاء الدعوى الجنائية بالوفاة لمتهمين والبراءة لمتهمين. وقالت المحكمة في أسباب حكمها: أنها اطمأنت  في أدلة  إدانة المتهمين إلى ما تضمنته الدعوى من أدلة ثبوت قولية والفنية المتمثلة في شرائط الفيديو التى حوت لقطات مصورة من أحداث الجرائم  الوحشية محل الاتهام بجانب تقارير الطب الشرعي، وإقرار بعض المتهمين على بعضهم، ‫فضلاً عما تضمنه  رأى فضيلة المفتي الذي أكد  أن القرائن كافية لإثبات ارتكاب المتهمين الجريمة.
 
وتقدّمت هيئة الدفاع عن 149 متهماً، بطعون أمام محكمة النقض، على أحكام الإدانة الصادرة في حق المتهمين، وقبلّت محكمة النقض، خلال جلستها المُنعقدة في – 16 شباط / فبراير من عام 2016 –طعون المتهمين، وقرّرت إلغاء الأحكام الصادرة في حقهم، وإعادة محاكمتهم من جديد أمام دائرة مغايرة خلاف الدائرة التي أصدرت الحكم.