أوصت نيابة النقض المصرية، بقبول الطعن المقدم من الرئيس المعزول محمد مرسي، والمرشد العام لجماعة الإخوان المحظورة محمد بديع، و15 آخرين من قيادات وعناصر الجماعة، على الأحكام الصادرة في حقهم من محكمة الجنايات بالسجن المؤبد، ومعاقبة 16 آخرين بينهم  13 هاربًا بالإعدام شنقًا، في مقدمتهم نائب مرشد الجماعة، خيرت الشاطر، ومعاقبة اثنين بالسجن لمدة 7 سنوات، وإعادة محاكمتهم من جديد أمام دائرة مغايرة خلاف الدائرة التي أصدرت الحكم .

جاء ذالك أثناء نظر محكمة النقض، المنعقدة في دار القضاء العالي في وسط القاهرة، الثلاثاء، أولى جلسات الطعن المقدم من الرئيس المعزول محمد مرسي، وباقي المتهمين على أحكام إدانتهم، وبدأت الجلسة في التاسعة صباحًا في حضور المحامين، فيما قام مقرر الجلسة بتلاوة أسباب الطعن، في قضية التخابر مع منظمات وجهات أجنبية خارج البلاد، وإفشاء أسرار الأمن القومي، والتنسيق مع منظمات متطرفة داخل مصر وخارجها، بغية الإعداد لعمليات متطرفة داخل الأراضي المصرية .

وطالبت هيئة الدفاع عن الرئيس المعزول مرسي وباقي المتهمين، خلال مرافعتها في جلسة الثلاثاء، بعدم اختصاص محكمة الجنايات التي أصدرت الحكم ولائياً لنظر القضية على سند قول إن المعزول محمد مرسي لم يتنح عن الحكم، أو يتنازل ومازال يتمتع بصفته كرئيس جمهورية وذلك على حسب وصف الدفاع.

واستكملت هيئة الدفاع مرافعتها قائلة: إن الثورات التي مرت بتاريخ مصر لم تزيل صفة رئيس الجمهورية عمن حكموها والدليل على ذلك الرئيس الأسبق محمد حسني مبارك ظل يتمتع بصفته رئيس لحين إعلانه التنحي عن منصبه وكذلك ملك مصر الأسبق فاروق لم تزل صفته عنه إلا عندما قرر التخلي عن عرش البلاد إلا أن مرسي لم يتنح أو يتنازل عن سلطاته كرئيس، لأن زوال الصفة، لا يتحقق إلا بإقرار أو كتابة، على حد وصفهم.

 وطالب هيئة الدفاع بمراجعة البنود التي تم تقديمها إلى المحكمة وطالبوا بضم ملف قضية اقتحام السجون إلى ملف التخابر الكبرى لوحدة الموضوع بينهم وفق لمرافعة الدفاع.

 وقضت محكمة جنايات القاهرة- في حزيران/ يونيو 2015- بمعاقبة مرسي ومرشد الإخوان محمد بديع و15 آخرين من عناصر الجماعة بالسجن المؤبد، ومعاقبة 16 آخرين- بينهم 13 هاربًا-  بالإعدام على رأسهم خيرت الشاطر نائب المرشد، في قضية التخابر مع جهات أجنبية من بينها حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني.كما عاقبت متهمين اثنين بالسجن لمدة 7 سنوات في نفس القضية.

 وكشفت المحكمة في أسباب الحكم، النقاب عن أنها قد أخذت المتهمين المحكوم عليهم بالسجن المؤبد وهم كل من محمد مرسي ومحمد بديع ومحمد سعد الكتاتني وعصام العريان وسعد عصمت الحسيني وحازم محمد فاروق وعصام الحداد ومحيي حامد وأيمن علي وصفوت حجازي وخالد سعد حسنين وجهاد عصام الحداد وعيد إسماعيل دحروج وإبراهيم خليل الدراوي وكمال السيد محمد وسامي أمين حسين السيد وخليل أسامة العقيد– بقسط من الرأفة في حدود ما تقضي به المادة 17 من قانون العقوبات.

 وأسندت النيابة العامة  إلى مرسي وبقية المتهمين ارتكاب جرائم "الحصول على سر من أسرار الدولة، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها، بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي".